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皮蛋的凝固过程分为四个阶段，分别是蛋白凝固、蛋黄凝固、气腔形成和腐蚀。首先是蛋白质的凝固，使得蛋白质的结构发生改变并且变得更加坚硬。接着是蛋黄凝固，蛋黄中的蛋白质与脂肪结合，形成均匀的凝固物。第三个阶段是气腔形成，通过一定的时间和温度使气腔形成，这个过程非常重要，可以影响皮蛋内部的口感。最后是腐蚀，腐蚀时间越长，皮蛋的味道也会越浓厚。这四个阶段的连续进行，使得皮蛋形成独特的口感和风味。
（1）化清阶段
蛋白由原来的粘稠状态变成稀薄透明状的水样液，蛋黄有轻微凝固的现象
原因：在强碱作用下，蛋白质分子由中性分子变成阴离子，分子空间结构从原来的卷曲状态变为伸直状态，原来与蛋白质分子紧密结合的结合水变成自由水，表现为化清现象。只是蛋白质的三级结构受到破坏。
（2）凝固
化清后的稀薄溶液逐渐凝固成富有弹性的无色或微黄色透明胶体的过程，同时蛋黄在强碱的作用下凝固厚度进一步增加。在NaOH 的继续作用下，蛋白质二级结构被破坏，溶液的粘度增大，直到完全凝固成弹性很强的胶状物为止。
（3）变色
1、蛋白逐渐变成深黄色透明胶状体，蛋黄凝固层增厚至5-10mm 并且颜色加深。
2、在NaOH 的继续作用下，蛋白质分子开始降解（一级结构遭到破坏），蛋白凝胶体的弹性开始下降。
（4）成熟
蛋白全部转变成褐色或茶褐色半透明凝胶体，并在其中形成大量的结晶花纹蛋黄凝固层变成墨绿，灰绿、橙黄等色层，溏心皮蛋的蛋黄中心部位呈橘黄半凝固状浆体。成熟后的皮蛋不仅凝固良好，色泽艳丽，具有一定的弹性和特殊风味。
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