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冬季施用微生物菌肥是一项重要的农业管理措施，但在施用过程中需注意一些关键问题。首先，冬季施用微生物菌肥要避免在低温时期施用，因为微生物的活性会随温度的下降而降低，影响其效果。其次，选择适合冬季环境的微生物菌肥产品，确保其在低温下仍能保持一定的活性。此外，在施用过程中要注意土壤湿度的控制，避免过湿或过干对微生物菌肥的存活产生不利影响。同时，注意施用量的合理控制，避免过量使用造成环境污染或对作物生长产生负面影响。综上所述，冬季施用微生物菌肥需要在温度、湿度和施用量等方面进行合理控制，才能充分发挥其促进作物生长的效果。
冬季气温低，施用生物菌肥不仅可以活化在土壤中被固定的营养元素，且有利于根系的生长，但不可盲目施用，应根据不同的棚室土壤环境来确定，否则很可能就会花了钱却看不到效果。
土壤湿度 施用生物菌肥后一定要注意合理浇水，最好选择晴天上午浇小水，这样不仅能提高地温，还能通过放风排湿。注意浇水后最好要进行划锄，以此来增加土壤通透性，利于生物菌发挥效果。
土壤温度 生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃～25℃时生命活动最活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱甚至休眠。这就需要首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25℃～30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
土壤酸碱度 资料表明：土壤pH值在6.5～7.5时最适合生物菌的繁殖，菜农可根据自己土壤的情况进行改造，让土壤pH值达到6.5～7.5，保证生物菌大量繁殖。另外，生物菌肥的作用是靠生物菌分解土壤中的有机物来实现的，如果土壤中的有机肥施用不足，那么它是分解不出养分的。因此，蔬菜定植前，一定要注意施足有机肥，一般每亩施用5000公斤左右。
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