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参考文献是为撰写或编辑论著而引用的有关图书、资料，是期刊论文的重要组成部分，具有提供依据、分享研究成果、重复利用和可检索等重要实用功能。它标识论文中引用资料的来源，是作者对他人研究成果中的理论、观点、资料和方法的引用和借鉴，能反映一篇学术论文的科学性、先进性和完整性，拓广论文包涵的信息量。然而，医刊汇编译在工作实践中，仍然发现许多医学论文中存在引用参考文献失真问题。
一、盲目转引，缺乏准确性。著录参考文献的原则之一是仅限于引用和著录作者亲自阅读过并在论文中直接引用的文献。研究者撰写论文所需要的资料应从原始文献中征引，这是论文写作应遵循的一个基本原则。但在许多论文中，作者并未亲自阅读文献，不是在论文中直接引用原始文献中的资料，而是从中介文献、文摘刊物、网络资源中转引，将间接引用作为直接引用著录，这样既侵犯了原作者的知识产权，同时转引容易以讹传讹、断章取义，既影响原始论文所属期刊的声誉，又影响引文分析的科学性，轻者为无效引用，重者引用结论不正确的文献来证明自己的观点，常常难以得出正确的结论。
二、文献排序混乱，缺乏条理性。论文后的参考文献都应按照一定的顺序排列起来。每一条文献都应与论文中提出的观点相对应，以便更清楚、更准确地反映作者自身的观点，使读者易于查找所感兴趣观点的引文出处。有些论文在著录参考文献时与文中所标记的顺序不能相对应，其排序混乱、顺序颠倒，有的中间还出现空号。有的作者在文后著录了大量的中、英文参考文献，但在文中却没有标注，编辑向作者核查时，作者往往会请求编辑将此文献删去。这些都直接影响了论文的质量，使人对其引用文献的真实性产生怀疑。读者在阅读论文时会感到文章层次不清，影响阅读效果。
三、引用文献陈旧，缺乏时效性。在医学科研水平迅速发展的今天，新技术、新概念及新方法层出不穷。有些作者不认真查阅相关研究文献的最新报道，不熟悉相关领域的研究成果与现状，引用的文献多为三、四十年前的文献，内容陈旧，使论文的时效性、新颖性受到很大影响。论文处在低水平的重复，既不利于继承和发展科学，也不利于提高自身的学术水平。因此作者在撰写论文尤其是在撰写综述时，除个别历史文献外，一般应该选择与论文密切相关的近五年的文献。这样才能撰写出内容新颖，反映相关领域最前沿、最新的医学动态的论文，才能体现论文的创新性。
四、引用不当，缺乏必要性。医学论文中引用的文献应该是与论文中的方法、结果和讨论内容密切相关的文献，被引用的参考文献必须是国内外公开发行的科学技术文献，包括期刊论文、科技图书、科研报告、会议论文、学位论文、技术标准、专利说明书、报纸等。未发表的论文及资料、文摘、内部资料、非公开发行书刊的文章以及个人通讯等，均不能作为参考文献引用。凡教科书中的基本理论、基本公式、公知公用的定理定律，不必作为参考文献引用，在论文中可直接使用。
五、引用较少或漏引，缺乏真实性。引用参考文献应该坚持必要、适量的原则，引用文献数量上一般不作要求。漏引指作者引用他人文献、吸收和利用他人的研究成果，而未将其作为参考文献在自己的论文后面列出的行为。如果有意识地这样做，就是故意漏引。医学论文不宜省略参考文献，省略参考文献会使论文的真实性和可信性降低。除短篇和经验交流方面的论文可适当限制参考文献数量外，在引用合理的情况下，研究论著可以不限制文献数量，这样有利于充分利用文献资源，实现资源共享。
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